기능 상세 보고

부록 — 아키텍처 구축 전 과정 (개발사)

1. 개발 7단계 요약표 (개조식)

모든 행: 주장 → 근거 → 함의. 신뢰등급 배지: 실측 HIGH / surrogate-상대 MED / surrogate-절대 LOW.

2. 단계별 상세 (주장 → 근거 → 함의)

2-1. 환경구축 — 측정 가능성 확보가 선행 실측 HIGH

• 주장: 도킹·스코어링 이전에 약리학 메트릭 정합성과 off-target 수용체 구조를 먼저 확보했다.
• 근거:
• 약리학 13개 메서드 검증 → 16건 버그 수정, 테스트 35→62개, peptides GT 대비 8/8 일치 [근거: docs/progress_report_20260323.md:20-34]
• SSTR1/3/4/5 구조를 AlphaFold API 의존에서 로컬 CIF로 전환(pdb_source: alphafold→local) [근거: docs/progress_report_20260402.md:9-18]; 커밋 ec4982f [근거: docs/progress_report_20260402.md:7]
• 함의: 네트워크 의존성을 제거하고 즉시 도킹 가능한 상태를 만든 것이 무한엔진 운영(에폭 반복)의 전제였다.

2-2. real 도킹 — surrogate가 아닌 실측 ΔG 실측 HIGH

• 주장: ddG/total_score/clash는 PyRosetta FlexPepDock 실측이다(휴리스틱 아님).
• 근거: subprocess 레이어 _run_script()가 conda Python으로 도킹 스크립트 실행, stdout 마지막 줄 JSON에서 ddG·clash 파싱 [근거: pyrosetta_flow/docking_executor.py:38-75]. 신뢰등급 표에서 ddG=HIGH(실제 시뮬레이션) [근거: _evidence/EV09_silo_b_trace.md:311]
• 함의: 시스템의 1차 신호(ddG)는 신뢰등급 최상위이며, 모든 게이트·순위의 기반이 된다.

2-3. 다목적 — 빠른 surrogate로 후보 선별, 비싼 신호는 게이트 통과분만 surrogate-상대 MED

• 주장: 모든 후보에 μs급 cheap objective(반감기·ADMET)를 적용하고, 비싼 GNINA/도킹은 선별분만 실행한다.
• 근거: Layer 0 cheap objectives(반감기 앙상블 = 휴리스틱 A + RF C, log10 정규화 평균; native ~16h) [근거: pyrosetta_flow/multiobjective.py:101-132]; 5단계 파이프라인(cheap→GNINA→ECR→Pareto→BO) [근거: pyrosetta_flow/scoring_pipeline.py:79-100]
• 함의: 반감기·ADMET surrogate는 상대순위(MED)로만 사용되며, 절대값은 신뢰하지 않는다(§3 신뢰등급 참조).

2-4. 선택성 프로토콜 수정 — 비용 통제용 ddG 프록시 게이트 실측 HIGH

• 근거: should_screen() 게이트 — 기도킹 서열 회피, ddG_cutoff(-10.0)보다 약한 binder 배제, 미충원/최약체 초과 시 도킹; iteration당 최대 selectivity_max_per_iter(기본 2)건 [근거: pyrosetta_flow/selectivity_loop.py:48-56]
• 함의: 선택성 신호(off-target 도킹)는 비싸지만 HIGH 신뢰이므로, 게이트로 적용 대상을 좁혀 비용 대비 신호 품질을 확보한다.

2-5. home-advantage Δmargin — native 기준선 보정 실측 HIGH

• 주장: 단순 margin이 아니라 native 대비 상대 향상(Δmargin)으로 선택성을 정의한다.
• 근거: 코드 정본 주석 "Δmargin = margin − native_margin (home-advantage 보정, native baseline). >0 = native 초과 선택성" [근거: pyrosetta_flow/selectivity_loop.py:7]; 동일 정의 [근거: pyrosetta_flow/global_leaderboard.py:8]
• 함의: "native보다 선택성이 좋아졌는가"라는 정직한 기준을 강제 — 절대 margin 부풀리기를 차단한다. best 후보 AGCKNFFWKTDTSC는 Δmargin +10.54(native 초과) [데이터: runs/pyrosetta_flow/global_selectivity_leaderboard.json:9-12]

2-6. 무한엔진 — 수렴 탈출 + 영속 메모리 실측 HIGH

• 주장: 발굴은 STOP 파일 전까지 epoch를 반복하며, 정체 시 변이 다양성을 자동 상향한다.
• 근거: DiversityPolicy.update() — global best Δmargin이 patience(기본 3) epoch 정체 시 level↑(max 6), max_random_mutations = min(6, base 3 + level) [근거: pyrosetta_flow/continuous.py:57-85]; 글로벌 리더보드가 epoch 간 메모리(도킹 서열 dedup·best 단조 추적) 제공 [근거: pyrosetta_flow/global_leaderboard.py:1-8]
• 함의: local optimum 탈출 메커니즘이 코드 수준에 내장되어, 누적 운영이 단순 무작위 재시작보다 효율적이다.

2-7. 벤치마크 — 정확한 것과 불가능한 것을 분리 surrogate-절대 LOW

• 주장: 물성은 검증 가능(HIGH), 절대 용혈 독성 예측은 검증 시 역변별(LOW)임을 정직 노출한다.
• 근거:
• 물성 descriptor(GRAVY/Instability/Aliphatic) r=1.0, pI 0.9968·Boman 0.9718 — peptides 참조도구 대비 [근거: _evidence/EV12_bench_admet.md:29-37]
• 52종(50 평가, L32/D18) 용혈 분류: 전체 AUC=0.32(완화), L-aa AUC=0.146(n=32, 역변별 견고), D-aa AUC=0.677(n=18, 양의 변별). LL-37·Cecropin A 등 비용혈 AMP를 오판 [데이터: _analysis/BENCH_admet_v2_results.json; 근거: 15_admet_benchmark.md]
• 함의: HC50은 절대 단위 금지, native 대비 상대 게이트 전용 — 이것이 벤치마크가 산출한 정책 권고다 [근거: _evidence/EV12_bench_admet.md:138-144].

3. 라이브 산출 스냅샷 (실측 직독) 실측 HIGH

무한엔진 가동 중 — 아래 수치는 직독 시점값(증가 추세). [데이터: runs/pyrosetta_flow/global_selectivity_leaderboard.json], [데이터: runs/pyrosetta_flow/discovery_status.json]

• 주장: 선택성 핵심은 pos11(Phe11→Asp/Glu) 변이다.
• 근거: top-2 선택성 항목이 F11D(Δ+10.54)·F11E(Δ+8.97)로, native T(avg Δ+4.30) 대비 현저. FWKT(seq[6:10]) 무결 유지 [근거: _evidence/BIO_biology.md:43-49]
• 함의: 기전 미검증(LOW) — pos11 음하전 도입의 in-silico 신호는 강하나 수용체 잔기 접촉 기반 구조 설명은 미수행 [근거: _evidence/BIO_biology.md:13, 49].

4. 문서-실제 아키텍처 괴리 (P5) — 정직 매핑

• 주장: 괴리는 결함이 아니라 아키텍처 진화의 결과(클라우드 NIM → 온프레미스 PyRosetta, monolithic 통합)이며, 본 보고는 의도 구조가 아닌 실제 코드 위치 기준으로 기술한다.
• 근거: 근본원인 4가지(아키텍처 진화/인프라 재구성/레포 독립화/문서 미동기) [근거: EV14_arch_gap.md:221-228]
• 함의: 신규 인력 온보딩 혼란(P5 Critical) — SYSTEM_ARCHITECTURE.md의 실제 구조 기반 재작성이 권고된다 [근거: EV14_arch_gap.md:240-244].

5. VR-cycle / Stage 진화 이력 (환각 가드)

출처: 프로젝트 CLAUDE.md §"Stage 적용 이력". harness 어댑테이션(Apache-2.0 revfactory/harness 추출)의 자기-검증 사이클.

• 주장: 본 시스템의 신뢰등급 층화(HIGH/MED/LOW)는 사후 장식이 아니라 VR-cycle-09(H-06) 가드가 코드·플래너·도메인 3계층에서 강제하는 원칙이다. [근거: CLAUDE.md §Stage 적용 이력, Stage 8h]
• 함의: "절대 독성 LOW", "반감기 MED", "ddG/Δmargin HIGH" 분류는 환각 가드의 직접 산물이며, 부풀려진 절대값 주장을 본문에서 배제한다.

6. 신뢰등급 요약 (전 지표) surrogate-상대 MED

7. 미검증 격리 (본문 배제 항목)

• [미검증] 2026-05-28 회의 회의록 — 예상 일정만 확인, 실제 결과 미수집 [근거: EV15_timeline_sources.md:190]
• [미검증] Silo A diversity 피처 — UnifiedScorer 0.10 가중치 설정이나 어떤 Arm도 계산하지 않음 [근거: EV08_silo_a_trace.md:130, 188]
• [미검증] pos11 선택성의 구조적 기전 — in-silico 신호만, 수용체 접촉 설명 없음 [근거: BIO_biology.md:49]
• [미검증] D-aa 용혈 비교 — pepADMET 47종 재계산 진행중, 세션 한도로 미완 [근거: _evidence/EV12_bench_admet.md:229-240]

근거 정책: 모든 사실 주장에 인라인 근거(코드 path:line / 문헌 / 산출 JSON). 근거 미확보 항목은 §7에 [미검증] 격리. 라이브 수치는 무한엔진 가동 중이라 직독 시점에 따라 증가할 수 있음.