๊ธฐ๋ฅ ์์ธ ๋ณด๊ณ
์ก์ ์์ดํ ์ข ํฉํ (A-01~A-10 + ํ์ฅ)
์ ๋ขฐ๋ฑ๊ธ ํ๊ธฐ: HIGH ์ค์ธก(์ฝ๋/PR/๋ํน) ยท MED surrogate-์๋์์(Spearman ๊ฒ์ฆ) ยท LOW surrogate-์ ๋๊ฐ(๋ฏธ๊ฒ์ฆ). ๋ชจ๋ ์์น ๋ค์ ๋ฐฐ์ง ๋ถ์ฐฉ.
- 2026-04-06 ํ์ ์ก์ ์์ดํ 10๊ฑด ์ค 6๊ฑด ๋จธ์ง ์๋ฃ(A-01ยทA-04ยทA-05ยทA-09ยทA-10 + A-06 ์ ์ธ์ ํ์ ), 2๊ฑด ๋ถ๋ถ(A-02ยทA-03), 1๊ฑด ๋ถ๋ถ(A-07), 1๊ฑด ๋ฏธํ์ธ(A-06 PoC๋ NOT_RECOMMENDED๋ก ์ข ๊ฒฐ) [๋ฐ์ดํฐ: EV04_action_master.md:10; EV05_action_rest.md:12].
- ํต์ฌ ๋ธ๋ก์ปค๋ "D-์๋ฏธ๋ ธ์ฐ ์์ธก ๋ถ์ฌ" โ ํ์ฒญ ๋ฐ๊ฐ๊ธฐ 7๊ฐ ๋๊ตฌยทpepADMET ๋ชจ๋ L-์๋ฏธ๋ ธ์ฐ ํ์ต์ด๋ผ D-AA ํ๋ณด ์ ๋๊ฐ ์ ๋ขฐ ๋ถ๊ฐ, ํ์ฌ ์ ๋ต์ native ๋๋น ์๋ ๊ฒ์ดํธ๋ก ํ์ [๋ฐ์ดํฐ: EV04_action_master.md:76-80; EV12_bench_admet.md:142].
- ํ์๋ก ์ก์ ์ ๋์ด์ ์ต๋ ์ฑ๊ณผ๋ ๋ฌดํ ๋ฐ๊ตด ์์ง โ ฮmarginยทddG ์ค์ธก ๊ธฐ๋ฐ์ผ๋ก native ๋๋น ์ ํ์ฑ +10.54 ํฅ์ํ best ํ๋ณด ํ๋ณด, ์๊ฒฉ๊ธฐ์ค(ฮ>0 โง ฮGโคโ15 โง ๋น๋ ์ฑ) 48๊ฑด ๋์ ์ถฉ์กฑ [๋ฐ์ดํฐ: global_selectivity_leaderboard.json:3,9-13].
1. ์ฝ๋ ๋ฒ (7์ด ๊ตฌ์กฐ)
๊ฐ ํ์ โ ID+์ ๋ชฉ โ โก ํ์๋ก ์ ์ ํด๊ฒฐ๋ฐฉ์ โ โข ์ ์ ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋ฌธ์ ์ โ โฃ ์ฑํ ๋์ โ โค ๊ตฌํํ ๊ธฐ๋ฅ(file:line) โ โฅ ์ฑ๋ฅ(์ธก์ ๊ฐ+์ ๋ขฐ๋ฑ๊ธ) โ โฆ ์ฑ๊ณผยท๊ธฐ๋ํจ๊ณผ ์์ผ๋ก ์ฝ๋๋ค. โขยทโฃ๋ "์ ์ด ๋์์ธ๊ฐ"์ ๊ธฐ๊ฐ-์ฑํ ๊ทผ๊ฑฐ๋ฅผ ๋ด๋๋ค.
- ์์ ์๋ฏธ: Silo A 3-Arm ๊ฐ์์คํฌ๋ฆฌ๋(NIM, ์ฒญ์), Silo B SST-14 ๋ณ์ด์์ฑ+PyRosetta ๋ํน(๋ น์). ๋ณธ ํ์ ๋๋ถ๋ถ ์ก์ ์ Silo B ๊ณ์ด(๋ํนยท์ ํ์ฑยท์ค์ฝ์ด๋ง)์ด๋ฉฐ, A-02/A-03(๋ฐ๊ฐ๊ธฐยทADMET)์ ๋ Silo ๊ณต์ ์ฝ๋ฆฌ ๊ฒ์ดํธ ๊ณ์ธต์ด๋ค [๋ฐ์ดํฐ: EV09_silo_b_trace.md:5-8].
2. ๊ธฐ๋ณธ ์ก์ ์์ดํ (A-01 ~ A-10)
ํ๊ฐ ๊ฐ๋ก๋ก ๊ธธ๋ค. ๊ฐ ํ์ ํต์ฌ์ โข ๋ฌธ์ ์ โ โฃ ๋์ ์ ํ๊ณผ โฅ ์ ๋ขฐ๋ฑ๊ธ์ด๋ค.
| โ IDยท์ ๋ชฉ | โก ํ์๋ก ์ ์ | โข ์ ์ ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋ฌธ์ ์ | โฃ ์ฑํ ๋์ | โค ๊ตฌํ ๊ธฐ๋ฅ (file:line) | โฅ ์ฑ๋ฅ (์ธก์ ๊ฐ+์ ๋ขฐ๋ฑ๊ธ) | โฆ ์ฑ๊ณผยท๊ธฐ๋ํจ๊ณผ |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A-01 SSTR1/3/4/5 ์์น ์ง์ ๋ํนยท์ฌ๋ํน โ | SSTR2 cryo-EM(7T10/7T11) ๊ธฐ๋ฐ ECL/TM ํต์ฌ์๊ธฐ(77-314)๋ก ํฌ์ผ ์ขํ ์ค์ ํ SSTR1/3/4/5 ์ ๋ ฌยทBoltz-2 off-target ๋ํน [๋ฐ์ดํฐ: A-01_โฆdocking.md:12-21] | ๊ตฌ์กฐ ID ๋ถ์ผ์น(ํ์๋ก 7T10 vs ๋ก์ปฌ 7XNA), ํฌ์ผ ์ขํ ์๋์ถ์ถ ์๋ํ ๋๊ตฌ ๋ฏธ์ ์ [๋ฐ์ดํฐ: A-01_โฆdocking.md:32-33,39-62] | ๊ตฌ์กฐ ID ํ์ โTM-align/cealign ์ ๋ ฌโ๊ฒ์๋ฐ์ค 15โ20 ร โWSM/MSM ์ ํ์ฑ ์ฐ์ถ(A-04 ์ฐ๋) [๋ฐ์ดํฐ: A-01_โฆdocking.md:37-93] | off-target ์ ํ์ฑ ์ ๋ํ ํ์ดํ๋ผ์ธ. offtarget_dock.py๋ ์์ฉ์ฒด CIF/PDB + ํฉํ์ด๋ ์์ด์ ์
๋ ฅ๋ฐ์ โ ์ฒด์ธ๋ณ SSTR1~5 ๊ณ ์ ์๊ทธ๋์ฒ๋ฅผ ๋งค์นญํด ์์ฉ์ฒด๋ฅผ ์๋ณํ๊ณ (_SSTR_SIGNATURES/_match_sstr_signature, offtarget_dock.py:71-79,225-233) Boltz-2๋ก ๋ณตํฉ์ฒด ๊ตฌ์กฐ ์์ธก โ iPTM์ ddg = -100รiptm ํ๋ก์๋ก ๋ณํํด JSON ์ถ๋ ฅ(offtarget_dock.py:562-589). selectivity_runner.py๋ ๊ทธ SSTR2 ddG์ off-target ddG๋ค์ ๋ฐ์ โ delta_ddg = sstr2_ddg - target_ddg๋ก ๋ณํํ๊ณ WSM=max(delta), SR=exp(โฮ/RT), Tier(0~3)๋ฅผ ์ฐ์ถ(selectivity_runner.py:122-162) (PR #61, 10 files) [๋ฐ์ดํฐ: EV04:42-46] |
์ ํ์ฑ KPI โฅ100ร MED; TM-scoreโฅ0.8 LOWยท๋ฏธ์ธก์ [๋ฐ์ดํฐ: EV04:44-46] | SSTR2 ์ ํ์ฑ ์ ๋ํ ๊ธฐ๋ฐ ๋ง๋ จ, A-04 ์ ํ์ฑ ์ ๋ ฅยทA-09 ํํฐ [๋ฐ์ดํฐ: EV04:50-53] |
| A-02 ํ์ฒญ ๋ฐ๊ฐ๊ธฐ ์์ธก๋๊ตฌ ๋น๊ต ๐ก | 7์ข (ProtParamยทHLPยทPlifePredยทPeptideRankerยทPeptideStabilityยทpepMSNDยทCAMSOL) RยฒยทSpearman ๋น๊ต [๋ฐ์ดํฐ: A-02_โฆtools.md:30-51] | ๐ด D-์๋ฏธ๋ ธ์ฐ ์ง์ 0๊ฐ โ ์ ๋ถ L-AA ํ์ต, Octreotide ๋ฑ D-AA์ ์ ์ฌ๋ 4.83ร ๊ณผ๋์ถ์ (์ค์ธก 2026-05-20). HLP๋ SST-14๋ฅผ 1.6์ด๋ก ๊ณผ์์ถ์ [๋ฐ์ดํฐ: EV04:76-84] | 1์ฐจ ProtParam/HLP ์ ๋ณ + D-AA๋ ์์ฒด ML ๋๋ wet-lab ๋ณํ(์์ฌ๊ฒฐ์ ๋ณด๋ฅ), MD(RMSD) ์ ๋ฐ๋ณด์ ๋ก๋๋งต [๋ฐ์ดํฐ: EV04:89-93] | ๋ฐ๊ฐ๊ธฐ ์์ธก ๋๊ตฌ ํตํฉ wrapper + ์ ๋ขฐ๋ ๋ฉํ ๋ฑ๋ก. predict_halflife_pepmsnd.py๋ ์์ด(๋๋ FASTA)์ ๋ฐ์ โ peptools conda env์์ PlifePred2๋ฅผ subprocess๋ก ํธ์ถํด 0~1 ํ๋ฅ ์ค์ฝ์ด๋ฅผ ์ฐ์ถํ๋, HLE ํ๊ท ๊ฐ์ค์น ๋ถ์ฌ ์ ์๊ฐ(h) ํ์ฐ์ ๊ฑฐ๋ถํด ํ๊ฐ์ ์ฐจ๋จํ๋ ์ ์ง wrapper๋ค(predict_halflife_pepmsnd.py:5-17,50-54). pharmacology_guards.py::ENDPOINT_CONFIDENCE๋ 7๊ฐ ๋๊ตฌ๋ฅผ P1~P4 ์ ๋ขฐ๋ฑ๊ธ์ผ๋ก ๋ฑ๋กํด API ์๋ต์ ๋ฑ๊ธยท๊ฒฝ๊ณ ๋ฅผ ์๋ ์ฃผ์
ํ๋ค(pharmacology_guards.py:26,790,1180-1194) (commit 4d3583c) [๋ฐ์ดํฐ: EV04:99-100] |
wrapperยท๊ฐ๋ ๋ฑ๋ก HIGH; SST-14 ์ ๋์ ํ๋ ๋๊ตฌ๊ฐ ๋ถ์ผ์น LOW; D-AA ์ง์ 0๊ฐ HIGH [๋ฐ์ดํฐ: EV04:99-102] | ๋ฒค์น๋งํฌ ๋ฐฉ๋ฒ๋ก ์๋ฆฝ. ๋ฏธํด๊ฒฐ(D-AA)์ด A-04ยทA-09 ์ ๋ขฐ๋ ํ๊ณ๋ก ์ ํ [๋ฐ์ดํฐ: EV04:108-116] |
| A-03 Fab-ADMET(=pepADMET) ์ ํ๋ ๊ฒ์ฆยท์์ฒดํ์ต ํ๊ฐ ๐ก | ํฉํ์ด๋ ADMET ML(pepADMET) AUC/Acc/F1 ๊ฒ์ฆ, ํํยทD-AAยทDOTA ์ฒ๋ฆฌ ์ฌ๋ถ ํ์ธ, fine-tuning ์๊ฑด ์ฐ์ [๋ฐ์ดํฐ: A-03_โฆvalidation.md:28-68] | ๐ด REST API HTTP 403 ์ฐจ๋จ(2026-05-19), D-AA ๋ฏธ์ง์ ์ถ์ , ์๋ ผ๋ฌธ ์ฑ๋ฅ ๋ฏธํ์ธ, ๋ผ์ด์ ์ค ๋ณตํฉ์ฑ(GPL-3.0 vs CC BY-NC-SA) [๋ฐ์ดํฐ: EV04:142-145] | ๋ก์ปฌ git clone(V-02)โOctreotide ์ง์ ์
๋ ฅ D-AA ๊ฒ์ฆ(V-03)โ์์
ํ์ฉ ๋ฒ๋ฌด๊ฒํ (V-04)โ๋ถ์กฑ ์ ์์ฒด ๋
์ฑ๋ชจ๋ธ [๋ฐ์ดํฐ: EV04:149-154] |
pepADMET ์ ์ฉ๊ฐ๋ฅ์ฑ ๊ฐ๋(๋ณธ์ฒด ๋ฏธ์ค์น, ์ ์ธ์ ๊ฒ์ฆ๋ง). pharmacology_guards.py๋ ์ธ๋ถ ํจํค์ง import ์์ด ๋์ํ๋ stand-alone ๋ชจ๋๋ก โ ํ๋ณด ์์ดยทmodification ์ ๋ณด๋ฅผ ๋ฐ์ check_pepadmet_applicability()๋ก D-AAยทํํยทDOTA ๋ฑ ํ์ต๋ฒ์ ๋ฐ ์
๋ ฅ์ ํ์งํ๊ณ (pharmacology_guards.py:498), pepADMET ์๋ํฌ์ธํธ๋ฅผ ENDPOINT_CONFIDENCE์ ๋ฑ๋กํด ์๋ต์ ์ ๋ขฐ ๊ฒฝ๊ณ ๋ฅผ ๋ถ์ฐฉํ๋ค(pharmacology_guards.py:790,1039-1054 โ grade๋ ์๋
ผ๋ฌธ ์ ํ๋ ๊ธฐ์ค P1, ์ธํ๋ผ HTTP 403๊ณผ ๋ถ๋ฆฌ) โ REST ๋ณธ์ฒด๋ HTTP 403์ผ๋ก ๋ฏธ์ค์น [๋ฐ์ดํฐ: EV04:162-165] |
HTTP 403 ์ฐจ๋จ ํ์ธ HIGH; ์๋ ผ๋ฌธ AUC LOWยท๋ฏธ๊ฒ์ฆ; ๋ก์ปฌ ์คํ ๋ฏธ๊ตฌํ [๋ฐ์ดํฐ: EV04:162-165] | ๋ช ์นญ ์ ์ (Fab-ADMETโpepADMET)์ผ๋ก ์ถ์ ์ฑ ํ๋ณด. A-04 ADMET ์ ๋ ฅ ์ ๋ขฐ๋ ํ LOW [๋ฐ์ดํฐ: EV04:171-176] |
| A-04 Top-K ๋ณตํฉ ์ค์ฝ์ด๋ง ์ฒด๊ณ โ | 7๋จ๊ณ ๋ค๋จ๊ณ ์ ๋ณ(์ ํ์ฑโฅ100รโ๋ฐ๊ฐ๊ธฐโ๋ ์ฑโLead ํ์ โ๋ณํ๊ท์น); Hard Cutoff + WSS + Pareto(NSGA-II) ๋ณ์ฉ [๋ฐ์ดํฐ: A-04_โฆscoring.md:14-119] | A-02/A-03 ์ ๋ ฅ ๋ถ์์ (ADMET ์ ๋ขฐ๋ LOW), A-05 ฮG ๊ธฐ์ค์ ์์กด, Radiolysis โค3 ์๊ณ๊ฐ ์คํ ๋ฏธ๊ฒ์ฆ [๋ฐ์ดํฐ: EV04:204-206] | Hard Cutoff(ฮGโคSST14 refยท์ ํ์ฑโฅ100รยทADMETโค0.3ยทRadiolysisโค3) + WSS ๊ฐ์ค(0.35/0.25/0.20/0.10/0.10) + Pareto front โ Tier S/A/B/FAIL [๋ฐ์ดํฐ: EV04:210-224] | 3๋จ๊ณ ๋ณตํฉ ์ค์ฝ์ด๋ง ์์ง. composite_scorer.py๋ ํ๋ณด๋ณ ddGยท์ ํ์ฑยท๋ฐ๊ฐ๊ธฐยทADMETยทradiolysis ์งํ๋ฅผ ์
๋ ฅ๋ฐ์ โ โ 5๊ฐ Hard Cutoff ๊ฒ์ดํธ(ddGโคโ95.024 REUยท์ ํ์ฑโฅ100รยทradiolysisโค3ยทADMETโค0.3ยทinstability<40)๋ก 1์ฐจ ํต๊ณผ/ํ๋ฝ ํ์ โ โก ๊ฐ์คํฉ WSS(ddg 0.35ยทselectivity 0.25ยทhalf_life 0.20ยทadmet 0.10ยทradiolysis 0.10)๋ฅผ [0,1]๋ก ์ฐ์ถ โ โข ํ๋ณดโฅ50์ NSGA-II Pareto front ๊ณ์ฐ ํ Tier S/A/B/FAIL๋ก ๋ถ๋ฅํ๋ค(composite_scorer.py:6-30,60-89). radiolysis_scorer.py๋ ์์ด์ ๋ฐ์ ์๊ธฐ๋ณ ยนโทโทLu ๋ฏผ๊ฐ๋(CยทM=3, FยทYยทW=2, PยทHยทL=1)๋ฅผ ํฉ์ฐํ๋ Cys3-Cys14 SS bond๋ ์นํ ๋ถ๊ฐ๋ก ์ ์ธํด ๋ฏผ๊ฐ์๊ธฐ ๊ฐ์๋ฅผ ์ฐ์ถํ๋ค(radiolysis_scorer.py:30-39,88-100) (PR #62, 7 files), ๋จ์ํ
์คํธ โฅ10 [๋ฐ์ดํฐ: EV04:230-234] |
Hard CutoffยทWSSยทPareto ์ ๋ถ ๊ตฌํ HIGH; ๋จ ADMETยท๋ฐ๊ฐ๊ธฐ ์ ๋ ฅ ์ ๋ขฐ๋ LOW [๋ฐ์ดํฐ: EV04:230-234,204] | ์์ ์ฑ+์ ํ์ง ์ด์ค๊ตฌ์กฐ ์์ฑ. A-09 ์ ๋ ฅยทTier-S ์๋ ํฉ์ฑ์๋ขฐ์ ์์ฑ [๋ฐ์ดํฐ: EV04:240-247] |
| A-05 SST-14 ๋ ํผ๋ฐ์ค ฮG ๊ธฐ์ค์ โ | SST-14 ์ํ nโฅ10 ๋ฐ๋ณต ๋ํน์ผ๋ก ์ค์ธก ฮG ํ๋, meanร0.9 ์์ ์ฌ์ ๊ฒ์ดํธ, 3๋จ๊ณ(RosettaโMM-GBSAโFEP/TI) [๋ฐ์ดํฐ: A-05_โฆdG.md:22-94] | ๋๊ตฌ๊ฐ ๋จ์ ๋ถ์ผ์น(FlexPepDock REU vs Boltz-2 REU ์ง์ ๋น๊ต ๊ธ์ง), ํ๋์ฝ๋ฉ ํด๋ฐฑ(-5.0) 5๊ณณ ์ฐ์ฌ, 2ยท3์ฐจ ๋ฏธ๊ตฌํ [๋ฐ์ดํฐ: EV04:275-277] |
SSOT gate_thresholds.yaml::rosetta_ddg_max=FlexPepDock meanร0.9 = 498.4713; Boltz-2 ref โ95.024 REU ๋ณ๋ ๋ณด๊ด [๋ฐ์ดํฐ: EV04:283-286] |
์๊ณ๊ฐ ๋จ์ผ์ง์ค์์ฒ(SSOT) + ๋ฌธํ์ ๋ต ํ๊ท๊ฐ๋. gate_thresholds.yaml์ SST-14 ์ค์ธก ๊ธฐ๋ฐ ๊ฒ์ดํธ(rosetta_ddg_max=FlexPepDock meanร0.9)๋ฅผ ํ ๊ณณ์ ์ ์ํด ์ฝ๋ ์ฐ์ฌ ํด๋ฐฑ(-5.0)์ ๋์ฒดํ๋ค. pharmacology_guards.py::LITERATURE_VALUES๋ Kyte-DoolittleยทRadzicka-Wolfenden ๋ฑ ์ถ์ฒ๊ฐ ์ธ์ฉ๋ ๋ฌธํ ์ ๋ต ํ
์ด๋ธ์ ๋ณด์ ํ๊ณ โ assert_literature_value()/audit_table()๋ก ์ฝ๋์ lookup table์ ๋ฌธํ๊ฐ๊ณผ ๋์กฐํด ์ค๊ธฐ์ฌ(H-01)ยท๋ถํธ์ญ์ (H-02)์ ์ฐจ๋จํ๋ค(pharmacology_guards.py:56-75,640,679-695) (main 8e7e1cc) [๋ฐ์ดํฐ: EV04:294-295] |
FlexPepDock mean 553.857 REU, ฯ=4.024 (n=10, KPI ฯ<5 ์ถฉ์กฑ) HIGH; ํด๋ฐฑ 5๊ณณ ์ ๋ ฌ ์งํ์ค [๋ฐ์ดํฐ: EV04:259,296-298] | A-04 Hard Cutoff ์๋ฌผํ์ ๊ทผ๊ฑฐ ์ ๊ณต, ์์ ํด๋ฐฑ(-5.0) ๋์ฒด [๋ฐ์ดํฐ: EV04:304-311] |
| A-06 ๋ํจ์ ๋ชจ๋ธ ๋ํน ๊ฐ์ํ PoC โ (NOT_REC) | DiffPepDock์ผ๋ก ํ๋ณด๋น ์์ญ์ด 1์ฐจ ํํฐ(FlexPepDock ๋๋น โฅ10ร speedup ๋ชฉํ) [๋ฐ์ดํฐ: A-06_โฆPoC.md:20-22,130] | SS bond(Cys3-Cys14) ์ฒ๋ฆฌ ๋ถ๊ฐ โ DiffDock์ ์๋ถ์ ๊ธฐ๋ณธ์ค๊ณ, 14aa ํํ ํฉํ์ด๋ ๊ตฌ์ ๋ถ๋ง์กฑ [๋ฐ์ดํฐ: EV05:15,30-31] | ๊ธฐ๊ฐยทFlexPepDock ์ ์ง โ ์ ์ธ์ NOT_RECOMMENDED ํ์ [๋ฐ์ดํฐ: EV05:12-17] | (๊ตฌํ ๋ถํ์; PoC audit ์ข ๊ฒฐ) [๋ฐ์ดํฐ: EV05:147] | NOT_RECOMMENDED HIGH โ ์ ์ธ ํ์ , audit ์๋ฃ [๋ฐ์ดํฐ: EV05:147] | A-07 GPU(VRAM 120GB) ์๊ฑด ์์ฐ ํด์ [๋ฐ์ดํฐ: EV05:35] |
| A-07 DGX/๊ณ ์ฑ๋ฅ GPU ๊ฒฌ์ ๐ก | DGX H100/B200 vs ์์ฒด๋น๋ ๋น์ฉยท์ฌ์ ๊ฒฌ์ ์์ง [๋ฐ์ดํฐ: A-07_โฆquote.md:76-89] | A-06 NOT_REC๋ก ๋ํจ์ ์ฉ VRAM 120GB ์๊ฑด ์๋ฉธ โ ๊ตฌ๋งค ํ์์ฑ ์ฌ๊ฒํ [๋ฐ์ดํฐ: EV05:51-53] | ์ ๊ฒ ๋งคํธ๋ฆญ์ค+์์ฌ๊ฒฐ์ ์์ ์์ฑ, ์ค ๋ฒค๋ ๊ฒฌ์ ์ ์ฌ์ฉ์(์ํธ์ฑ/์๊ธฐ๋ฒ) ์ฑ ์ ๋ถ๋ฆฌ. ๊ธฐ์กด H100ร8(640GB)+H100 NVLร4(384GB) ํ์ฉ ์ฐ์ [๋ฐ์ดํฐ: EV05:44-49,61] | ์ ๊ฒ ๋งคํธ๋ฆญ์คยท์์ฌ๊ฒฐ์ ์์ (์ธ๋ถ ๊ฒฌ์ ๋๊ธฐ) [๋ฐ์ดํฐ: EV05:44-45] | ๋งคํธ๋ฆญ์ค ์์ฑ ์๋ฃ, ๊ฒฌ์ TBD MED [๋ฐ์ดํฐ: EV05:148] | ๊ธฐ์กด ์ธํ๋ผ ํ์ฉ ์ฌํ๊ฐ๋ก ๋ถํ์ ๊ตฌ๋งค ํํผ [๋ฐ์ดํฐ: EV05:53] |
| A-09 ์ต์ข ํ๋ณด 3-4๊ฐ ๋์ถยทํฉ์ฑ์๋ขฐ โ | Top-K ํ๋ณด ํ์ ํ ยนโทโทLu ํ์งยทํฉ์ฑ ์๋ขฐ ์ค๋น [๋ฐ์ดํฐ: A-09_โฆsynthesis.md:37-44] | ํ๋ณด 4๊ฐ sequence identity 86~93%(๊ธฐ์คโค80% ๋ฏธ๋ฌ) โ SS bond+FWKT ๋ณด์กด ์ ์ฝ์ ๋ถ๊ฐํผ [๋ฐ์ดํฐ: EV05:84-88] | PRST-001~004 + ํฉ์ฑ์๋ขฐ์ ์๋์์ฑ; ๋ค์์ฑ ๋ฏธ๋ฌ์ WARN ๊ธฐ๋ก(๊ฐ์ ์ ํ๋ณด ๋ถ์กฑ) [๋ฐ์ดํฐ: EV05:71-88] | runs_local/final_candidates/synthesis_orders/PRST-001~004.md (PR #63) [๋ฐ์ดํฐ: EV05:71-72] |
PRST-001(AGCKNIIWKTITSC) ฮG โ105.5 REUยทฮฮG โ10.5 HIGH; ์ ํ์ฑ 250ร MED; ๋ฐ๊ฐ๊ธฐ 4.5hยทADMET 0.10 LOW [๋ฐ์ดํฐ: EV05:78-95] | Gate-2(ํ์ง/์ ์กฐ) ์ง์ ์ค๋น, ยนโทโทLu ํ์งโHPLC RCP 72h(โฅ90%) ํ์ [๋ฐ์ดํฐ: EV05:98-100] |
| A-10 SSTR3 ๋ํน ์๋ฌ ํด๊ฒฐ โ | selectivity_runner.py SSTR3 ๋ํน ์๋ฌ(8XIR ์ ์ฒ๋ฆฌ ๋ฏธ์๋ฃ) ์์ [๋ฐ์ดํฐ: A-10_โฆfix.md:14-20] |
๋๋ฝ์๊ธฐยท์ถฉ๋์์ยท๋น์ ์ B-factor; ํ์ SSTR4 ์๊ทธ๋์ฒ(VILRYAKMKTA) SSTR1 ์ค๋งค์นญ [๋ฐ์ดํฐ: EV05:116-128] |
๊ตฌ์กฐ ์ ์ฒ๋ฆฌ ์๋ฃ + offtarget_dock.py::_SSTR_SIGNATURES์์ ๊ณต์ ๋ชจํฐํ ์ ๊ฑฐ, ์๋ธํ์
๊ณ ์ ์๊ทธ๋์ฒ๋ง ์ ์ง [๋ฐ์ดํฐ: EV05:119,128-129] |
์์ฉ์ฒด ์๋ธํ์
์ค๋งค์นญ ๋ฐฉ์ง ์๊ทธ๋์ฒ ์ ์ . offtarget_dock.py::_SSTR_SIGNATURES๋ ์์ฉ์ฒด ์ฒด์ธ ์์ด์ ๋ฐ์ SSTR1~5๋ฅผ ์๋ณํ๋ N-๋ง๋จยทTM3 ํน์ง ์์ด ํ
์ด๋ธ์ธ๋ฐ โ SSTR1/SSTR4 ๊ณต์ ๋ชจํฐํ("VILRYAKMKTA")๊ฐ ์๋ธํ์
์ค๋งค์นญ์ ์ ๋ฐํ๋ฏ๋ก ์ด๋ฅผ ์ ๊ฑฐํ๊ณ ๊ฐ ์๋ธํ์
๊ณ ์ ์๊ทธ๋์ฒ๋ง ๋จ๊ฒจ _match_sstr_signature()๊ฐ ์ ํํ ์์ฉ์ฒด๋ฅผ ๋ฐํํ๋๋ก ์์ ํ๋ค(offtarget_dock.py:71-79,225-233) (PR #60) [๋ฐ์ดํฐ: EV05:113,129] |
ํ๊ทํ ์คํธ 24 PASS + 24 PASS/4 SKIP HIGH [๋ฐ์ดํฐ: EV05:130] | 4-subtype ์ ํ์ฑ ํ๋กํ์ผ ์์ ํ, A-01 ์ ์ ์ถฉ์กฑ [๋ฐ์ดํฐ: EV05:132-134] |
A-08 ์ํ (ํ ๋ฏธ์๋ก ์ฌ์ ): A-08("๋ผ์ด๋ธ๋ฌ๋ฆฌ ์๋ฒ ๋ง์ด๊ทธ๋ ์ด์ ์๋ฃ ๋ฐ ๊ฒ์ฆ")์ ์ธ๋ถ๋ง H100ร8 ์๋ฒ ๋ฐฐํฌ ์๋ฃ๋ก ์๋ฃยท์ญ์ ์ฒ๋ฆฌ๋ ํญ๋ชฉ์ด๋ผ ์ถ์ ํ์ผ ๋ฏธ์์ฑ์ด ์ ์ ์ํ๋ค โ ๋ฏธ์ํ/๋ฏธ๊ฒ์ฆ ์๋ [๋ฐ์ดํฐ: docs/meet_log/2026-04-06_action_items/00_MASTER_INDEX.md:19,27]. A-01~A-10 ์ค A-08๋ง ์๋ฃ-์ญ์ , ๋๋จธ์ง 9๊ฑด์ ํ์ ์ ๊ฑด ์๋ก.
3. ๋์ ์ ์ ํต์ฌ ํธ๋ฆฌํ (์์ฝ)
ํ์๋ก ์ ์์ ๊ทธ๋๋ก ๋ฐ๋ฅด์ง ์๊ณ ๋ฐฉํฅ์ ํผ 3๊ฑด์ด ์์ฌ๊ฒฐ์ ์ ํต์ฌ์ด๋ค. ์๋๋ ํ ์ค ์์ฝ์ด๋ฉฐ, ๊ฐ ๋์์ ์ฃผ์ฅ โ ๊ทผ๊ฑฐ โ ํจ์ ์์ธ ๋ ผ๊ฑฐ๋
04_action_detailํ์ด์ง๋ฅผ ์ฐธ์กฐํ๋ค.
| ์ก์ | ๊ธฐ๊ฐ์ โ ์ฑํ์ | ํต์ฌ ๊ทผ๊ฑฐ (์์ฝ) |
|---|---|---|
| A-06 ๋ํจ์ ๋ํน ๊ธฐ๊ฐ | DiffPepDock โ FlexPepDock ์ ์ง | Cys3-Cys14 disulfide ๊ตฌ์ ๋ฏธ์ถฉ์กฑ, A-07 GPU ๊ตฌ๋งค ์๊ฑด ๋์ ํด์ [๋ฐ์ดํฐ: EV05:30-31,35,51-53] |
| A-05 ฮG ๊ธฐ์ค์ SSOTํ | ์์ ํด๋ฐฑ -5.0 โ ์ค์ธก meanร0.9 SSOT |
FlexPepDock n=10 ์ค์ธก mean 553.857 REU, ฯ=4.024(<5) ์ฌํ ๊ฐ๋ฅ [๋ฐ์ดํฐ: EV04:259,283-286] |
| A-02/A-03 ์ ๋๊ฐ โ ์๋ ๊ฒ์ดํธ | ๋๊ตฌ ์ ๋๊ฐ ์ ๋ขฐ โ native ๋๋น ์๋ ๊ฒ์ดํธ | 7๊ฐ ๋ฐ๊ฐ๊ธฐ ๋๊ตฌยทpepADMET ์ ๋ถ L-AA ํ์ต, L-aa ์ฉํ AUC 0.146(์ญ๋ณ๋ณ)ยทD-aa 0.677 [๋ฐ์ดํฐ: _analysis/BENCH_admet_v2_results.json] |
๐ ์ 3๊ฑด์ "์ฃผ์ฅ โ ๊ทผ๊ฑฐ โ ํจ์" ์ ๊ฐ์ ์ฝ๋ ํ๋ฆ(๋ชฉ์ โ์ ๋ ฅโ์ฐ์ฐโ์ฐ์ถ)์
04_action_detailํ์ด์ง์ ์์ธ ์๋ก.
4. ํ์ฅ ํ (ํ์๋ก ์ดํ ์ฑ๊ณผ)
baseline 10๊ฑด์ "ํ์๋ก ๋์", ์๋ 4๊ฑด์ "ํ์๋ก์ ๋์ด์ ์์ฒด ๋ฐ์ "์ด๋ค.
| IDยท์ ๋ชฉ | ์์ฝ ์ ์/๋ฐฐ๊ฒฝ | ๋ฌธ์ ์ | ์ฑํ ๋ฐฉํฅ | ๊ตฌํยท์ฐ์ถ (๊ฒฝ๋ก) | ์ฑ๋ฅ (์ธก์ ๊ฐ+์ ๋ขฐ๋ฑ๊ธ) | ์ฑ๊ณผยท๊ธฐ๋ํจ๊ณผ |
|---|---|---|---|---|---|---|
| EX-1 retro-Q2 ๋ถ๊ธฐ ํ๊ณ | ํ๋ค์ค ์ด๋ํ ์ด์ Stage 0~8 + VR-cycle ์๊ธฐ๊ฒ์ฆ์ ๋ถ๊ธฐ ๋จ์๋ก ์ ๋ฆฌ [๋ฐ์ดํฐ: retro-2026-Q2.md:5-13] | ์ค ํธ๋ํฝ ๋ถ์ฌ(dogfooding 1ํ), tmux 1์์ ์์ 0ํ ์ด์ [๋ฐ์ดํฐ: retro-2026-Q2.md:191-194] | SemVer๋ก ๋จ๊ณ cut + Q3 ์ก์ 8๊ฑด ๋ฑ๋ก(CI ๋ฑ๋กยทtmux ์ค์ด์ยทVR full closure ๋ฑ) [๋ฐ์ดํฐ: retro-2026-Q2.md:161-168] | _workspace/release/retro-2026-Q2.md (v0.1.0โv0.15.0) [๋ฐ์ดํฐ: retro-2026-Q2.md:43] |
15 minor + 1 patch cut HIGH; VR ยง๊ฒ์ฆ 10/10 ์ฒ๋ฆฌ HIGH [๋ฐ์ดํฐ: retro-2026-Q2.md:43,189] | ์๊ธฐ์งํ ๋ฃจํ ์ ์ฆยทํ๊ฐ ๊ฐ๋ ์ด์ํ. Q3-1(CI ๋ฑ๋ก)์ด ์ด์ ์ง์ ์ ์ [๋ฐ์ดํฐ: retro-2026-Q2.md:170] |
| EX-2 06์ ์ ํ์ฑ ๋ํ (๋ฌดํ ์์ง) Silo B | off-target ๋ํน ์ ์ ์ ์ฉ์ ๋น์ฉ ๊ณผ๋ค(ํ๋ณดร5์์ฉ์ฒดร~6๋ถ) [๋ฐ์ดํฐ: EV09:48-49] | ๋งค iteration ์ ์ฒด ํ๋ณด off-target ๋ํน ๋ถ๊ฐ๋ฅ [๋ฐ์ดํฐ: EV09:48] | ddG ํ๋ก์ ๊ฒ์ดํธ + ฮmargin(home-advantage ๋ณด์ ), in-loop top-K๋ง ๋ํนยท๊ธ๋ก๋ฒ ๋ฆฌ๋๋ณด๋๋ก epoch๊ฐ ๋์ [๋ฐ์ดํฐ: EV09:50-77] | ๋ฌดํ ๋ฐ๊ตด ์์ง(epoch ๋ฃจํ + ์ ํ์ฑ ๋์ ๊ธฐ์ต). continuous.py๋ STOP ํ์ผ ์์ฑ ์ ๊น์ง ๋จ๋ฐ run์ epoch ๋จ์๋ก ๋ฌดํ ๋ฐ๋ณตํ๋ฉฐ โ ๋งค epoch control JSON์ ๋ค์ ์ฝ์ด knobs๋ฅผ ๋ฐ์ํ๊ณ , best ฮmargin์ด patience ๋์ ์ ์ฒดํ๋ฉด ๋ณ์ด ๋ค์์ฑ์ ์ฌ๋ ค local optimum์ ํ์ถํ๋ค(continuous.py:1-14). selectivity_loop.py๋ off-target ๋ํน์ด ๋น์ธ๋ฏ๋ก(ํ๋ณดร5์์ฉ์ฒด) โ ๋ฃจํ ๋ด ์ค์ธก ddG๋ฅผ ์ ๋ง๋ ํ๋ก์๋ก ์ผ์ "๋ฆฌ๋๋ณด๋ ์ต์ฝ์ฒด๋ณด๋ค ๊ฐํ ํ๋ณด"๋ง ๋ํนํ๊ณ ฮmargin=marginโnative_margin(home-advantage ๋ณด์ )์ ์ฐ์ถํ๋ค(selectivity_loop.py:1-7). global_leaderboard.py๋ epoch๊ฐ ์ธก์ ๊ฐ์ ๋์คํฌ์ ๋์ ํด โ ๋ํน ์์ด ์ฌ๋ํน ํํผ โก warm-start โข best ฮmargin ๋จ์กฐ ์ถ์ ์ ์ ๊ณตํ๋ค(global_leaderboard.py:1-10); ์ฐ์ถ global_selectivity_leaderboard.json [๋ฐ์ดํฐ: EV09:13,46,63] |
best ฮmargin +10.5351(native+10.54)ยทddG โ45.1112(AGCKNFFWKTDTSC) HIGH; ์๊ฒฉ๊ธฐ์ค 48๊ฑด ๋์์ถฉ์กฑ HIGH; ๋์ ์คํฌ๋ฆฌ๋ 628 ์์ด [๋ฐ์ดํฐ: leaderboard.json:3,9-13; ์ค์ธก ํํฐ] | ์ ํ์ฑ ํต์ฌ=pos11 ๋ณ์ด(F11D). ํ์๋ก KPI(์ ํ์ฑ)๋ฅผ ์ค์ธก ddGยทmargin์ผ๋ก ์ ๋ํ [๋ฐ์ดํฐ: leaderboard.json:9-12] |
| EX-3 ๋ฒค์น๋งํฌ ๊ฒ์ฆ (๋ฐ๊ฐ๊ธฐยท๋ฌผ์ฑ) | surrogate ์์ธก์ ์ ๋์ ๋ขฐ ๊ฐ์ ์ํ | (๊ตฌ v1, 17์ข ) raw ๋ฐ๊ฐ๊ธฐ Spearman ฯ=โ0.30 โ ์ํ๋ณธ ๋ ธ์ด์ฆ๋ก ํ์ธ๋จ(ํ๋ณธ 17โ39 ํ์ฅ ์ raw๊ฐ ์์๋ก ์ ํ) [๋ฐ์ดํฐ: 14_benchmark_validation.md:12,42-45] | ๋ณํ ๋ฉํ๋ฐ์ดํฐ ์ฃผ์ ์ ์๊ด ํ๋ณต(v1 meta ฯ=+0.76, ๊ถ์๊ฐ์ v2 meta ฯ=+0.662, n=32 โ ํ๋ณธยท์๋ธ์ ์์ด๋ก ์ง์ ๋น๊ต ๋ถ๊ฐ) [๋ฐ์ดํฐ: 14_benchmark_validation.md:46; BENCH_halflife_v2_results.json all_meta] | ๋ฌธํ ground-truth ๋์กฐ ๋ฒค์น๋งํฌ ๋ฌ๋. bench_run.py๋ researcher๊ฐ ์ถ์ฒ ์ธ์ฉ์ผ๋ก ์์งํ BENCH_literature.md์ JSON ๋ฌธํ๊ฐ์ ํ์ฑํ๊ณ โ ๋์ผ ์์ด์ ์ค์ ์ฝ๋๋ก ์ฌ์์ธกํ ๋ค โ ๊ณตํต ์๋ง์ผ๋ก Spearman ฯยทKendall์ ๊ณ์ฐํด(์์ฒด rank ๊ตฌํ, tie ํ๊ท ์์ ์ฒ๋ฆฌ, n<3์ด๋ฉด None) ๋ฌธํ ๋๋น ์๋์์ ์ผ์น๋๋ฅผ ๊ฒ์ฆํ๋ค(bench_run.py:2-6,17-38); ์ฐ์ถ BENCH_results.md (report_site _analysis/14) |
๋ฌผ์ฑ descriptor(GRAVYยทInstabilityยทAliphatic) r=1.0 ์์ ์ผ์น HIGH; ๋ฐ๊ฐ๊ธฐ ๋ฉํ๋ฐ์ดํฐ ํ๋ณต v2 ฯ=+0.662(n=32) MED [๋ฐ์ดํฐ: 14_benchmark_validation.md:46; BENCH_halflife_v2_results.json] | ํ๊ณ=๋ฉํ๋ฐ์ดํฐ ๋ถ์ฌ+๊ณ ์ ๋ฐฐ์(๊ณต์ ๋ถ์ฌ ์๋). ์๋์์ surrogate๋ก ์ฌ์ฉ ์ ๋นํ [๋ฐ์ดํฐ: 14_benchmark_validation.md] |
| EX-4 ADMET ํ์ฅ (์ฉํ ๋ ์ฑ) โ ์๋ฃ | pepADMET HC50์ ๋ฒ์ฉ ๋ ์ฑ์์ธก๊ธฐ๋ก ์ฌ์ฉ ์๋ | 24์ข ๋ ๋ฆฝ์ (D-aa n=4) ROC-AUC 0.19(์ญ๋ณ๋ณ), LL-37(โ1004)ยทCecropin A(โ823)๋ฅผ ๋น์ฉํ์ธ๋ฐ ๋ ์ฑ์ผ๋ก ์คํ | ์ ๋๋จ์ ๊ธ์ง โ native ๋๋น ์๋ hc50 ๊ฒ์ดํธ๋ง ์ฌ์ฉ; D-AA 52์ข (D=19) ํ์ฅ ์๋ฃ (06-18) [๋ฐ์ดํฐ: BENCH_admet_v2.md] | BENCH_admet_v2.mdยทBENCH_admet_v2_results.json (report_site _analysis/15) |
๋ฌผ์ฑ rโ1.0 HIGH; L-aa AUC 0.146(n=32) LOW ์ญ๋ณ๋ณ ๊ฒฌ๊ณ ; D-aa AUC 0.677(n=18) MED ์์๋ณ๋ณ [๋ฐ์ดํฐ: BENCH_admet_v2_results.json] | D-aa ํ๋ณธ ํ๋ณด๋ก L/D ๋ถ๋ฆฌ ์์ ํ์ธ: L-aa ์ญ๋ณ๋ณ์ ๊ฒฌ๊ณ ํ ๊ตฌ์กฐ์ ํ๊ณ, D-aa๋ ๋ณ๋ณ ๊ฐ๋ฅ์ฑ ์์ [๋ฐ์ดํฐ: _ADMET_EXPAND_RESULT.md] |
EX-2 ๋ผ์ด๋ธ ์ฃผ์: ๋ฌดํ ์์ง ๊ฐ๋ ์ค์ด๋ผ ์๊ฒฉ๊ธฐ์ค ์ถฉ์กฑ ๊ฑด์๋ ์ค๋ ์ท๋ง๋ค ๋ณ๋(๋ฉ๋ชจ๋ฆฌ ๊ธฐ๋ก ์์ 47๊ฑด โ ๋ณธ ๋น๋ ์์ 48๊ฑด ์ค์ธก). ์ ๋ ๋จ์ ๋์ "์ค๋ ์ท ์ค์ธก"์ผ๋ก ํด์ [๋ฐ์ดํฐ: leaderboard.json ์ค์ธก ์ฌํ์ธ 2026-06-18].
5. ์ก์ ์์กด์ฑ & ์์กด ๋ธ๋ก์ปค
PR #60 โ "] --> A01["A-01 ์์น์ง์ ๋ํน
PR #61 โ "] A01 --> A05["A-05 ฮG ๊ธฐ์ค์
main 8e7e1cc โ "] A05 --> A04["A-04 ๋ณตํฉ ์ค์ฝ์ด๋ง
PR #62 โ "] A02["A-02 ๋ฐ๊ฐ๊ธฐ
๐ด D-AA 0๊ฐ"] --> A04 A03["A-03 pepADMET
๐ด HTTP 403"] --> A04 A04 --> A09["A-09 ์ต์ข ํ๋ณด PRST-001~004
PR #63 โ "] A06["A-06 ๋ํจ์ PoC
NOT_REC"] -. VRAM ์๊ฑด ํด์ .-> A07["A-07 GPU ๊ฒฌ์
๐ก ๊ฒฌ์ ๋๊ธฐ"] A09 --> EX2["EX-2 ๋ฌดํ์์ง
ฮmargin +10.54 (Silo B)"] classDef siloB fill:#eafaf0,stroke:#1a8a4a,stroke-width:2px; classDef blocker fill:#fdeaea,stroke:#b03030,stroke-width:2px; class EX2 siloB; class A02,A03 blocker;
[๋ฐ์ดํฐ: EV04_action_master.md:337-356; EV05_action_rest.md:35]
- ๐ด ์์กด HIGH-BLOCKER 2๊ฑด: A-02 D-์๋ฏธ๋ ธ์ฐ ๋๊ตฌ 0๊ฐ, A-03 pepADMET HTTP 403/๋ก์ปฌ ๋ฏธ์ค์น โ A-04 ADMETยท๋ฐ๊ฐ๊ธฐ ์ ๋ ฅ ์ ๋ขฐ๋ LOW๋ก ์ ํ [๋ฐ์ดํฐ: EV04:367-385].
- โ ๏ธ ๊ตฌ์กฐ์ ์ ์ฝ: A-05 ํด๋ฐฑ 5๊ณณ ๋ฏธ์ ๋ ฌ(๋ฐํ์ ์ฐํ ์ํ), A-09 ๋ค์์ฑ 86~93%(SS bond+FWKT ๋ณด์กด์ ๋ถ๊ฐํผ) [๋ฐ์ดํฐ: EV04:394-398; EV05:84-88].
6. ์ฉ์ด (RIํ ๋น-AI ๋ฉค๋ฒ ๋ฐฐ๋ ค)
- ฮmargin (delta_margin): ํ๋ณด์ off-target ํํผ ์ฌ์ (margin)์์ native SST-14 ์ฌ์ ๋ฅผ ๋บ home-advantage ๋ณด์ ๊ฐ. ์์=native๋ณด๋ค ์ ํ์ [๋ฐ์ดํฐ: EV09:50-52].
- ฮG / ddG: FlexPepDock ๊ฒฐํฉ ์๋์ง(REU, ์์์ผ์๋ก ๊ฐํ ๊ฒฐํฉ). ์ค์ธก HIGH [๋ฐ์ดํฐ: EV09:311].
- SSOT: Single Source of Truth โ ์๊ณ๊ฐ์ ํ ํ์ผ(
gate_thresholds.yaml)์์๋ง ์ ์ [๋ฐ์ดํฐ: EV04:283]. - HC50: ์ ํ๊ตฌ 50% ์ฉํ ๋๋(๋ ์ฑ ์งํ). ๋ณธ ์์คํ ์ ์ ๋๊ฐ ๋ฏธ์ ๋ขฐ, ์๋ ๊ฒ์ดํธ๋ง ์ฌ์ฉ [๋ฐ์ดํฐ: EV12:142].
- Tier S/A/B/FAIL: A-04 ๋ณตํฉ ์ค์ฝ์ด๋ง์ ํ๋ณด ๋ฑ๊ธ(S=WSS์์20%โฉPareto front) [๋ฐ์ดํฐ: EV04:218-222].