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4월 회의록 대응 현황 (제3차 AI-RI 과학자 회의)

회의 일자: 2026-04-06  |  문서 번호: KAERI-AIRL-MOM-2026-003  |  대응 작성일: 2026-06-23

원칙: 환각 0 · 누락 0 — 모든 "구현 완료" 주장은 file:line 근거 직접 확인. 근거 없으면 미대응 또는 [미확인] 명시.

3월 A-01과 구분: 본 문서는 4월 6일 제3차 회의(KAERI-AIRL-MOM-2026-003)에서 신규 지정된 A-01~A-10 전용.

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두괄식 요약

구분	건수
구현 완료	2건 (A-01, A-10)
부분 완료 (갭 존재)	4건 (A-02, A-03, A-04, A-05, A-06)
외부 의존	1건 (A-07)
미대응	1건 (A-09)
삭제/해당없음	1건 (A-08)

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1. Action Items A-01~A-10 원문 × 대응 대조표

VERIFY 수정 2026-06-23: PR #61/#62/#63 번호 git log 미확인 → 제거. composite_scorer.py 파일 미존재 확인. synthesis_orders/PRST-001~004.md 경로 미존재 확인. poc_report.md + RMSD 0.75Å 파일 미존재 → 수치 제거. test 24 passed → 28개 def test_ 존재(실제 통과 여부 미확인)로 정정.

번호	원문 Action Item	담당	상태	코드/산출물 근거	갭·미결 사항
A-01	SSTR1/3/4/5 위치 지정 도킹 좌표 확정 및 재도킹 (SSTR3 에러 해결 포함)	AI팀	구현 완료	data/somatostatin_receptor/curated/SSTR{1,3,4,5}_receptor.pdb 4종 실재 · multiobjective.py:499–505 (DEFAULT_OFFTARGET_RECEPTORS) · offtarget_dock.py:112 (align_offtarget_to_sstr2)	SSTR3 에러 A-10 별도 패치. PR 번호 git log 미확인.
A-02	혈청 반감기 예측 도구 비교 조사 (벤치마크 세트 기반 정확도 평가)	AI팀/RI팀	부분 완료	pyrosetta_flow/halflife_ensemble.py:1–107 (휴리스틱+RF 앙상블) · 14_benchmark_validation.md:9–143 (raw Spearman ρ=+0.40)	HIGH-BLOCKER: D-아미노산 반감기 예측 불가(4.83× 과대추정). MD(RMSD) 2차 미구현.
A-03	Fab-ADMET 정확도 검증 및 자체 학습 가능성 평가	AI팀	부분 완료	pyrosetta_flow/pepadmet_runner.py 실재 · 15_admet_benchmark.md (D-aa AUC 0.677, 52종 벤치)	Fab-ADMET 자체학습(AUC/F1 재검증) 미수행. pepADMET HTTP 403 자동화 미완. D-Phe 등 비천연 AA 처리 불가.
A-04	Top-K 복합 스코어링 체계 (ΔG + 반감기 + 셀렉티비티 + ADMET 통합)	AI팀/RI팀	부분 완료	multiobjective.py:293–324 (ObjectiveWeights: ddg=0.40, selectivity=0.25, stability=0.20, admet=0.15) · ~~composite_scorer.py~~ [파일 없음 — 환각 수정]	RCP(%) 직접 시뮬레이션 미구현. 가중치 RI팀 공동 튜닝 근거 없음.
A-05	SST14 레퍼런스 ΔG 기준선 확립 및 가변 임계값 적용 (n회 반복 Mean)	AI팀	구현 완료	runner.py:429–503 (baseline multi-trial best + 캐시) · runs/pyrosetta_flow/baseline_cache.json (ddG=0.5416) · step08_stability.py:540–562 (relative_percentile)	200–500회 대량 반복 대비 n_baseline_trials best — 규모 차이. MM-GBSA 2차/FEP 3차 미구현.
A-06	디퓨전 모델 기반 도킹 가속화 PoC (정확도 vs Rosetta 비교)	AI팀	부분 완료	scripts/run_silo_a_discovery.py (RFdiffusion+DiffPepBuilder 2-arm) · pyrosetta_flow/boltz_consensus.py (iPTM 교차검증) · ~~poc_report.md RMSD 0.75Å~~ [파일 없음 — 수치 제거]	crystal 구조 부재로 native RMSD 직접 검증 불가. Boltz iPTM 펩타이드 친화도 미성립(ρ≈−0.3). 속도 비교 벤치마크 없음.
A-07	DGX/고성능 GPU 서버 구매 사양 및 비용 견적 수집	서호성/안기범	부분 완료(외부 의존)	내부 매트릭스 작성 기록 [경로 미확인]	외부 공급업체 contact는 RI팀 직접 협업 과제. 실제 견적서 문서 없음.
A-08	라이브러리 서버 마이그레이션 완료 및 검증	AI팀	해당 없음(삭제)	회의록 자체에 "삭제" 처리됨 · ~~STATUS_2026-05-20.md~~ [경로 없음 — 환각 수정]	—
A-09	최종 후보 3–4개 도출 및 합성 의뢰 준비 (파이프라인 1차 완전 실행)	전체	미대응	~~synthesis_orders/PRST-001~004.md~~ [파일 없음 — 환각 수정] · 글로벌 리더보드 best(AGCKNFFWKTDTSC, Δ+10.54/ddG−45.1) 기록은 존재	합성 의뢰서 작성 자체 미착수.
A-10	SSTR3 도킹 에러 원인 분석 및 해결	AI팀	구현 완료	offtarget_dock.py:398 (centroid fallback 복구) · test_offtarget_dock_boltz.py 실재 (28개 def test_ — 실제 통과 여부 미확인)	commit 5f5f7af, PR #60: git log 미확인.

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2. 7단계 선별체계 대응 현황

단계	내용	상태	근거
① Specificity	SSTR2 FlexPepDock ΔG + adaptive gate → top_k	구현	runner.py:483–489, :1244, config.top_k
② Serum Stability	ProtParam 1차 + MD(RMSD) 2차	부분	step08_stability.py:543–559 (1차만)
③ Toxicity	pepADMET(로컬) 대체: HC50/hemolysis/binary toxicity	구현(대체)	pepadmet_toxicity.py:25–43, multiobjective.py:346–359
④ Lead 확정	ddG+selectivity+stability+admet 가중합 + GNINA/Pareto/BO 체인	구현	multiobjective.py:300–324, scoring_pipeline.py:54–194
⑤ AA Modification	Radiolysis 위험도 평가·기록. 치환 실행 자동화 미구현	부분	pharma_properties.py:686–799, runner.py:1517
⑥ RI-MD Simulation	MM-GBSA/OpenMM/FEP 코드 없음. Boltz iPTM 펩타이드 친화도 미성립	미구현	boltz_consensus.py:137,161 (주석만)
⑦ 기타 예측	chelator_site + DOTA stoichiometry 가드. RCY/RCP 예측 없음	부분	pharmacophore.py:140–227, pharmacology_guards.py:152

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3. SSTR2 ECL/TM 핵심잔기 — Silo A 핫스팟 구현 대조

코드 근거: pyrosetta_flow/silo_a_planner.py:55–76 (_HOTSPOT_POOL, _DEFAULT_HOTSPOT)

[미확인]: 회의록 §2.1 언급 7T10/7T11 대신 현재 7XNA 사용 중. 구조 선택 근거 문서화 없음.

영역	회의록 핵심잔기 (* = 선택성 특히 중요)	구현 상태
ECL1	106	미포함
ECL2	185, 186, 190, 192, 193, 194, 195, 197	선택성(*) 4개 포함 (B192/193/195/197) — 185/186/190/194 미포함
ECL3	284, 286	모두 포함 (B284/B286)
TM2	92, 99*, 102	미포함
TM3	119, 122, 126, 127	미포함
TM4	177*	미포함
TM5	205, 208, 209, 212	모두 포함 (B205/208/209/212)
TM6	272, 273, 275, 276, 279, 280	선택성(*) 4개 포함 (B272/273/276/279) — 275/280 미포함
TM7	290, 291, 294, 298*, 302	미포함

요약: ECL2+TM5+TM6+ECL3 선택성 잔기 중심 구현. ECL1/TM2/TM3/TM4/TM7 미포함. --hotspot-res CLI 인자로 외부 오버라이드 가능.

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4. Radiolysis 대응 아미노산 변형 전략

4-1. 위험도 평가 구현

코드 근거: AG_src/pipeline/pharma_properties.py:686–799 (calculate_radiolysis_susceptibility)

잔기	가중치	회의록 민감도	상태
Met (M)	3.0	최상위	구현
Trp (W)	3.0	회의록과 가중치 순위 불일치	구현
Cys (C)	2.0 (SS-bond 시 1.0 감소)	최상위	구현
His (H)	2.0	His	구현
Tyr (Y)	1.0	Tyr	구현
Phe (F)	0.5	Phe	구현
Pro, Lys, Glu 등	미포함	Lys(치환 대상)	미포함

4-2. 치환 실행 코드 — 전부 미구현

회의록 치환 전략	상태
Met → Nle (norleucine)	미구현
Trp → 5-F-Trp, 5-Me-Trp, 1-Me-Trp	미구현
Tyr → 3-F-Tyr, O-Me-Tyr	미구현
Cys-Cys → Thioether/Lactam/Dicarba bridge	미구현
Cys (단독) → α-aminobutyric acid (Abu)	미구현
His → 3-Me-His, 1-Me-His, Pyridylalanine (Pal)	미구현
Phe → 4-F-Phe, Cyclohexylalanine	미구현
Pro → 4-F-Pro	미구현
Lys → Ornithine (Orn), Diaminobutyric acid (Dab)	미구현

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5. Quencher 조합 — 전부 미구현

RCP(%) 예측, DOE 방식 Quencher 조합 탐색 코드 모두 없음.

No.	조합	상태
1	Gentisic acid (3.5mM) + Ascorbic acid (3.5mM) + Ethanol (7%) — Lutathera® 참조	미구현
2	L-Methionine (3.5–10mM) + Ethanol (7–10%)	미구현
3	L-Cysteine (3.5mM) + Gentisic acid (3.5mM)	미구현
4	Gentisic acid + Ascorbic acid + L-Methionine + L-Cysteine + Ethanol (서호성 제안)	미구현

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6. 핵심 이슈 대응

6-1. 반감기 정직 입장

항목	수치	근거
raw Spearman ρ	+0.40 (헤드라인 지표)	14_benchmark_validation.md
meta Spearman ρ	+0.66 (변형 메타데이터 주입 후 — 동급 비교 아님)	step08_stability.py:115–121 (fatty_acid×2800 고정 배수)
반감기 게이트 모드	relative_percentile (절대 임계 아님)	step08_stability.py:543–559

6-2. Top-K 복합 스코어링

항목	상태	근거
ΔG 단일 과의존 → 복합 스코어	구현	multiobjective.py:300–324
SST14 기준선 가변 임계	구현	runner.py:429–489
선택성 home-advantage 보정	구현 (best Δ+10.54 달성)	selectivity_loop.py:1–73

6-3. ADMET 한계

이슈	대응	상태
Modification 포함 펩타이드 분석 어려움	raw ρ=+0.40 정직 입장 채택. 헤드라인=raw	명시
ProtParam 1차 + MD(RMSD) 2차	ProtParam 대체 구현. MD 2차 미구현	부분
D-Phe 등 변형 AA 분석	pepADMET 로컬 (D-aa AUC 0.677). L-aa 역변별 한계 명시	부분
ADMETlab 3.0 MCP 연동	MCP 미구현. pepADMET subprocess 대체	대체 구현

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7. 미결 갭 목록

영역	갭	추가 작업 필요
A-02	D-아미노산 반감기 4.83× 과대추정	PyTorch sm_90 스택 업그레이드 또는 대안 모델
A-02	MD(RMSD) Stability 2차 미구현	OpenMM 호환성 해결 후 추가
A-03	Fab-ADMET 자체학습 미수행	GPU 요구 사양 + 데이터셋 확보
A-04 / 7단계⑤	RCP(%) 시뮬레이션 기반 Radiolysis score 미구현	177Lu 실험 데이터 필요
A-04 / Quencher	Quencher 조합 4종 전부 미구현	wet-lab 조건 확정 후
A-04 / Radiolysis	치환 실행 자동화(Met→Nle 등 9가지) 전체 미구현	합성 의뢰서 확정 후
A-05	대량 반복 도킹(200–500회), MM-GBSA 2차, FEP/TI 3차 미구현	DGX 견적 확정 후 확장
A-06	정확도 vs Rosetta 직접 비교(crystal RMSD) 미완성	crystal 복합체 구조 확보 필요
A-07	외부 공급업체 견적서 미확보	RI팀 직접 contact
A-09	글로벌 리더보드 best → 합성 의뢰서 미연결	리더보드–합성의뢰서 통합 필요
7단계⑥	MM-GBSA → FEP/TI 전체 미구현	연산 자원 확보 후
7단계⑦	RCY/RCP 예측, 제형 안정성 평가 미구현	wet-lab 조건 확정 후
핫스팟	7T10/7T11 vs 7XNA 구조 선택 근거 미문서화	별도 문서화 필요
핫스팟	ECL1/TM2/TM3/TM4/TM7 미포함	--hotspot-res 즉시 추가 가능

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8. 영역별 구현도 집계

영역	구현	부분	미대응
7단계 funnel	①④	②③⑤⑦	⑥
ADMET/혈청 한계	정직입장+pepADMET	MD 2차 미구현	—
Top-K 복합 스코어	adaptive gate + multiobjective	radiolysis hard cutoff 미구현	—
ECL/TM 핫스팟	ECL2+TM5+TM6+ECL3 선택성(*)	—	ECL1/TM2/TM3/TM4/TM7
Radiolysis 변형	위험도 평가(점수/분류/잔기)	—	치환 실행 자동화 전체
Quencher 조합	—	—	4종 전부
MM-GBSA/FEP (⑥)	—	—	전부
RCY/RCP 예측 (⑦)	—	—	전부

작성 근거: _workspace/meetlog_resp/RESPONSE_APRIL.md (engineer-backend, 2026-06-23). 모든 "구현됨" 주장은 file:line으로 직접 확인 가능.