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향후 진행 로드맵 (Phase B/C/D + UI + 무한엔진 운영)

작성: 2026-06-18 · 독자: PI(서호성) + RI팀 과학리뷰 근거 우선순위: 차기 goal 프롬프트 _workspace/reports/03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md(EV-NEXT) + 도메인 리뷰어 §검증 필요 항목(BIO_biology/pharma/math) + 무한엔진 운영문서 CONTINUOUS_DISCOVERY.md(EV-ENGINE). 신뢰등급 범례: 실측 HIGH / surrogate-상대순위 MED / surrogate-절대값 LOW.

핵심 결론 (두괄식, 3줄)

차기 작업은 "발굴"이 아니라 "신뢰도 회복"이다 — 선택성 돌파(48/50 통과)는 이미 달성됐고, 남은 병목은 surrogate 절대값의 출처·단위·구조 미보정이다. [근거: _workspace/reports/03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:16-23]
우선순위: Phase A(약리 정합성, 권장 최우선) → B(구조·물성 보정) → C(선택성×독성 동시최적화) → D(CI·hERG). UI goal(무한엔진 웹 연결)과 무한엔진 상시 운영은 과학 goal과 병렬 트랙. [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:25-44, 62-64]
목표 상태: 모든 보고 수치가 "ranking score"임을 명문화하고, SS bond/D-aa 미반영·HC50 단위 미확정 같은 LOW 등급 항목을 줄여 외부(임상/논문) 제시 가능한 rigor 확보. [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:10, 52-59]

1. 왜 지금 이 방향인가 (주장 → 근거 → 함의)

주장: 파이프라인은 작동하나 핵심 과학 지표가 전부 휴리스틱 surrogate라 절대값 보고가 불가능하다.
근거: 반감기 출력은 임상 t½가 아닌 ranking score [근거: AG_src/pipeline/step08_stability.py:534-538]; pepADMET HC50 단위(μg/mL vs μM) 미확정 [근거: pyrosetta_flow/pepadmet_toxicity.py:24-30]; SS bond Cys3-Cys14의 pI/charge 보정 미적용(pI 오차 0.2~1.1) [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:19; _workspace/report_site2/_evidence/BIO_biology.md:91-95].
함의: 후보를 외부에 제시하려면 이 갭들이 신뢰도 병목이다. 따라서 차기 단계의 1차 목표는 신규 후보 발굴이 아니라 기존 신호의 검증·정직화다. [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:23]

대안 선정 콜아웃 — 왜 "신뢰도 회복" 먼저인가? - 기각안: 선택성 돌파(Phase C)를 단독 최우선. 기각 근거 — 돌파는 이미 누적 엔진이 달성(48/50 통과, best Δ+10.54), 추가 발굴의 한계효용보다 절대값 미보정의 보고 리스크가 크다. [데이터: runs/pyrosetta_flow/global_selectivity_leaderboard.json 집계 50건] - 채택안: Phase A(약리 정합성) 우선. 채택 근거 — "가장 빠른 신뢰도 회복, 보고 가능성↑". [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:62]

2. Phase별 로드맵 (요약 표)

Phase	목표	핵심 작업	담당(계획)	측정 가능 성공기준	근거
A (선행)	약리 정합성 Critical 수정	`apply_stability_gate` 의미 수정(임계 임상값→surrogate 명시), HC50 단위 확정, `_PROTEASE_VULNERABILITY` 출처 보강(VR-S5-01)	reviewer-pharma + engineer-backend	의미오류 제거·단위 명시·면책 등록, 회귀테스트 통과	`03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:27-30, 53-55`
B	구조·물리화학 보정	SS bond Cys pI/charge 보정 실제 적용, `amphipathicity_index`→Eisenberg 소수성 모멘트 재구현	reviewer-biology + reviewer-pharma	SS bond pI 보정 적용 + `peptides` GT 재검증 통과	`03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:32-35, 56`
C	선택성×독성 동시최적화	무한엔진 누적분에서 Δ>0 & 비독성 후보 추격(goal: N5Y 계열 + SSTR3/5 negative-design 강화; 데이터상 pos11 음하전 치환이 Δ 최상위)	reviewer-biology + reviewer-math	엄격기준(Δ>0 & ΔG≤−15 & 비독성) count_passing ≥3 추적	`03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:36-39, 57`
D	검증 인프라·위생	CI 등록(pytest + auto_dispatch routing), (선택) hERG surrogate 또는 pepADMET ADME PoC	engineer-infra + reviewer-code	push 시 회귀 자동 차단, hERG PoC	`03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:40-42, 58`

표기 주의: 위 담당·게이트는 차기 goal 계획(plan)이며 아직 실행 전이다. 본 페이지의 Phase 서술은 모두 계획 문서 인용이다. [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:3-4]

3. Phase B — 구조·물리화학 보정 (상세)

B1. SS bond Cys3-Cys14 pI/charge 보정

주장 → 근거 → 함의
주장: 현재 net_charge/pI 계산이 Cys3-Cys14 이황화결합(고리화) 효과를 반영하지 않아 pI 오차가 발생한다.
근거: pI 오차 0.2~1.1 명시 [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:20]. 반감기 앙상블도 고리화를 cyclization 고정배수(log10 1.8×)로만 반영 [근거: _workspace/report_site2/_evidence/BIO_biology.md:91-95(원전 step08_stability.py:249-254)].
함의: SS bond는 SSTR2 결합 conformation의 필수 구조요소이므로(임상 SST 유사체의 고리화 필수성) [출처: Patel YC 1999 Front Neuroendocrinol 20:157-198, BIO_biology.md:23 경유], pI/charge 보정 미적용은 신독성·용혈 surrogate 입력의 계통오차로 전파된다.
검증 방법(계획): backend/admet.py의 net_charge/pI 계산에 SS bond 보정 적용 후 peptides v0.5.0 GT 재검증. [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:33]
현 신뢰등급: 물성 descriptor 자체는 실측 HIGH(peptides 대비 pI r=0.9968) [데이터: _workspace/report_site2/_evidence/BIO_pharma.md:S-2], 단 SS bond 보정 미적용분은 계통오차로 남음.

B2. amphipathicity → Eisenberg 소수성 모멘트 재구현

주장: amphipathicity_index를 Eisenberg 소수성 모멘트(hydrophobic moment)로 재구현·재명명하고, 신독성 계수의 docstring↔수식 정합을 맞춘다. [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:34-35]
함의: 양친매성은 막활성·용혈 신호의 물리적 기반이므로, 표준 Eisenberg 정의로의 정렬은 hc50 상대게이트(home-advantage)의 입력 정합성을 높인다. (단 hc50 자체의 용혈 변별력 부재는 Phase B 범위 밖 — 아래 §6 참조.)

4. Phase C — 선택성 × 독성 동시최적화 (상세)

현 상태 (실측)

글로벌 리더보드 50건 전원 Δmargin>0, 그중 Δ>0 & ΔG≤−15 & 독성≤native 동시충족 = 48/50 실측 HIGH. [데이터: runs/pyrosetta_flow/global_selectivity_leaderboard.json 집계]
글로벌 best Δmargin = +10.5351 (AGCKNFFWKTDTSC, F11D, ddG −45.11) surrogate-상대순위 MED. [데이터: runs/pyrosetta_flow/discovery_status.json:global_best_delta_margin; BIO_biology.md:45-46]
다양성 레벨 = 3 (patience 정체 시 변이폭 상향 정책 작동 중). [데이터: runs/pyrosetta_flow/discovery_status.json:diversity_level]

돌파의 출처 정직화: 위 48/50은 무한엔진의 누적 산물이다. 차기 goal 계획서 시점(2026-06-17)에는 "엄격기준 동시충족 0건(best Δ+0.077, 독성↑)"이 부트스트랩 상태로 기록돼 있었다. [근거: CONTINUOUS_DISCOVERY.md:78-81; 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:22] 즉 Phase C의 stretch 목표(엄격기준 ≥1건)는 이후 누적 운영으로 이미 초과 달성됐고, 남은 과제는 후보의 구조 기전 검증이다.

C 차기 작업 (계획)

무한엔진 global_selectivity_leaderboard 누적분 분석 → 선택성×독성 동시최적화로 추격. SSTR3/5 회피 negative-design 강화(goal 계획서는 변이 집중점을 "N5Y 계열"로 명시) + 데이터상 pos11 음하전 치환이 Δ 최상위이므로 pos11도 집중 후보. [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:37(N5Y·SSTR3/5); pos11 신호는 아래 데이터 근거]
근거(pos11 신호): 리더보드 Δ 1위가 pos11 음하전 치환(F11D, AGCKNFFWKTDTSC, Δ+10.54); F11E(AGCKNFFWKTETSC, Δ+8.97)는 전체 4위이나 pos11-단독치환 중 D 다음으로 높음(top-50에서 pos11 D·E가 native T avg Δ+4.30보다 현저히 높음). 단 전체 2위는 다중변이 후보(AICLNWFWKTVISC, Δ+9.32)로 pos11 신호와 무관. [데이터: global_selectivity_leaderboard.json; BIO_biology.md:43-48]

한계 — 반드시 동반 보고: pos11 선택성의 구조적 기전은 미검증이다. 코드·데이터에서 pos11/F11D/F11E의 SSTR2-특이 pocket 상호작용 설명이 0건 grep. [근거: BIO_biology.md:73-77(§2-3)] off-target 정렬 RMSD 2.77~3.13 Å를 감안하면 Δmargin>5 이상만 신뢰 신호로 보수 해석이 적절. [근거: BIO_biology.md:85-89(§2-5), alignment_summary.json] → 차기 검증: SSTR2(7XNA) vs SSTR1(9IK8)·SSTR5(8ZBJ) pocket에서 pos11 인접 잔기 비교(ECL2·TM5). [근거: BIO_biology.md:121(§검증 필요 #1)]

5. Phase D — 검증 인프라 · hERG

D1. CI 등록(Q3-1): pytest + auto_dispatch routing test를 CI에 등록해 push 시 회귀 자동 차단. retro-Q2가 식별한 위생 갭(Q3 Action Items ~12%, CI 미등록)을 닫는다. [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:21, 41]
D2. hERG surrogate / ADME PoC(선택): admet-ai hERG 또는 pepADMET ADME 부분 통합 PoC. [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:42]
함의: 현재 ADME(BBB·CYP450·신장청소율·혈장단백결합) 실모델이 전무하므로 [근거: BIO_pharma.md:L-7], hERG/ADME 통합은 LOW→MED 등급 상향의 출발점이다.

6. 도메인 리뷰어가 본 잔여 위험 (Phase 밖이나 로드맵 반영 필요)

위험	현 신뢰등급	차기 권고	근거
pepADMET HC50 L-aa 용혈 변별력 부재 (독립벤치 L-aa AUC 0.146 역변별, LL-37 역판정)	`surrogate-절대값 LOW`	L-aa 재훈련 또는 독립도구 교체(현재는 native 상대게이트만 정당). D-aa는 AUC 0.677로 변별 가능 확인	`BIO_pharma.md:L-3`; `_analysis/BENCH_admet_v2_results.json`
NSGA-II Pareto 품질지표(HV/IGD) 미계산	n/a	hypervolume 모니터링 도입(`pymoo HV`)	`BIO_math.md:L-1, V-M1`
diversity 목적함수 항상 0 (사실상 3목적)	n/a	Hamming/edit distance 연결	`BIO_math.md:L-2, V-M2`
BO(BoTorch GP) 제안이 실험에 미반영(로그 전용)	n/a	acquisition→변이생성 연결	`BIO_math.md:L-10, V-M5`
GNINA CNN rescore 현 환경 mock(0.0)	n/a	GNINA 바이너리 설치 또는 ECR 가중 재조정	`BIO_math.md:L-9`
작용제/길항제(Gi vs β-arrestin) 분류 부재	`[미검증]`	IND 전 SSTR2-Gi HTRF cAMP assay	`BIO_biology.md:97-101`(§2-7)

7. UI Goal — 무한엔진 웹 모니터링·제어 (병렬 트랙)

목표: 무한 발굴 엔진(continuous.py)을 웹에서 시작·정지·튜닝하고 epoch 진행·LLM inference·도킹 후보 구조(Mol*)를 실시간 모니터링하는 풀스택 웹 서비스. [근거: _workspace/GOAL_UI_2026-06-10.md:10]
확정 사항: Focus=전면 재디자인 + 무한엔진 신규 연결, Level=L3(전면 자율). [근거: _workspace/GOAL_UI_2026-06-10.md:106-108]
닫아야 할 갭: ① 무한엔진 출력파일(discovery_status.json/global_selectivity_leaderboard.json/baseline_cache.json)이 어떤 엔드포인트로도 미노출, ② 웹 제어(STOP 파일·discovery_control.json) 부재, ③ LLM trace 모니터링 약함, ④ Mol*↔후보 PDB 경로 불일치(iter_NN/cand_NNN.pdb), ⑤ 라이브 진행 인디케이터 부족. [근거: _workspace/GOAL_UI_2026-06-10.md:22-27]
재사용 자산: FastAPI(port 8787, 40+ 엔드포인트) + React 19/Vite/Mol* 5.6.1 기존 스택. [근거: _workspace/GOAL_UI_2026-06-10.md:19-20]
상태: 미착수(차기 GOAL). 과학 goal(Phase A~D)과 상호보완·병렬. [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:4]

8. 무한엔진 상시 운영 (현재 가동 중 — 건드리지 말 것)

운영 모델: 단발 run_pyrosetta_flow 위에 epoch 루프 → STOP 파일 전까지 무한 발굴, run 간 학습은 디스크 누적. [근거: CONTINUOUS_DISCOVERY.md:3-12]
제어 인터페이스(재시작 불필요): 정지=touch _workspace/STOP_DISCOVERY, knob 조절=_workspace/discovery_control.json(매 epoch 재로드, 화이트리스트 필드만). [근거: CONTINUOUS_DISCOVERY.md:35-53]
자동 정지 옵션: target_pass_count(기본 3) 도달 시 stop_on_target 자동 종료. [근거: CONTINUOUS_DISCOVERY.md:52]
운영 원칙: epoch 실패가 루프를 죽이지 않음(continue + error 기록), 수렴 시 종료 대신 다양성 주입으로 계속 탐색. [근거: CONTINUOUS_DISCOVERY.md:69-70]

⚠️ 주의: 무한엔진/autopush가 가동 중이며 runs/에 동시 쓰기한다. 코드 수정은 다음 epoch부터 반영되며, 운영 중 프로세스·runs/ 동시쓰기를 건드리지 말 것. [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:48]

9. 우선순위·의존성 그래프

graph TD subgraph SCI["과학 goal (03_GOAL_PROMPT_NEXT)"] A["Phase A · 약리 정합성
(권장 최우선)"] B["Phase B · 구조·물성 보정
SS bond pI · Eisenberg"] C["Phase C · 선택성×독성
pos11 · SSTR3/5 neg-design"] D["Phase D · CI · hERG"] A --> B A --> D B --> C end subgraph OPS["운영 트랙 (병렬)"] E["무한엔진 상시 운영
continuous.py · STOP/control"] U["UI goal · 웹 모니터링/제어
(미착수, L3)"] end E -. "누적 리더보드 공급" .-> C E -. "출력파일 노출 대상" .-> U classDef sciCls fill:#eafaf0,stroke:#1a8a4a,stroke-width:1px; classDef opsCls fill:#eaf2fc,stroke:#1a6fbf,stroke-width:1px; class A,B,C,D sciCls; class E,U opsCls;

의존성 해설: A(정합성)는 B·D의 선행 — surrogate 의미가 정직화되어야 물성 보정(B)과 CI 회귀기준(D)이 의미를 갖는다. C(선택성)는 B의 물성 보정 후 동시최적화가 정합적이며, 무한엔진(운영 트랙)이 누적 리더보드를 공급한다. UI goal은 무한엔진 출력파일을 노출 대상으로 삼는 별도 병렬 트랙. [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:25-44; CONTINUOUS_DISCOVERY.md:11]
색 규약: Silo B(녹색)=PyRosetta 발굴·과학 goal, 운영/UI(청색)=인프라·연결 트랙.

10. Level 선택지 (실행 전 확정 필요)

Focus: (A) 약리 정합성 우선[A·B] / (B) 선택성 돌파 우선[C] / (C) 전체[A~D]. 권장 = A. [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:62]
Level: L1(Critical만 A1·A2·A3) / L2(A·B·D) / L3(A~D 전체 자율). [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:63]
UI goal과의 순서: 과학 goal 먼저 / UI 먼저 / 병렬. [근거: 03_GOAL_PROMPT_NEXT_2026-06-17.md:64]